新疆医科大学和石河子大学的医学院相比，肯定新疆医科大学的医学类专业要比石河子大学的医学专业好。
仅管石河子大学的综合实力要比新疆医科大学强，它也是国家的211工程大学，省部共建大学，新疆兵团直属大学，双一流建设大学一流学科入选高校，学校在2018年入选部省合建高校，纳入了教育部直属高校排序。
它的综合实力在全国排在第169名，其中人才培养第161名，科学研究第178名。
石河子大学的医学类专业在全国255个医学院校里排在C+；
临床医学，医学影像学，药学，医学检验技术，医学影像技术都排在全国C类或者C+，具有比较鲜明的专业特色和相当强大的专业实力，它的护理学在全国开设本专业的160所大学里，排在B+/160，综合实力绝对强大。
新疆医科大学的综合实力在全国排列第241名，其中人才培养第259名，科学研究第226名。
新疆医科大学的医学类专业在全国255所医科大学里排在B+/255，非常厉害。
新疆医科大学的临床医学在全国137所大学里排在B类，医学影像学在开设本专业的67数大学里排在B+，公共卫生与预防医学，药学，康复治疗学都在B类或者B+，具有绝对强大的专业实力。其中，维医学在全国排在第一名，哈医学在全国排在第一名。护理学，医学影像技术，中西医临床医学等专业，也具有特别鲜明的专业特色。通过比较，我们可以知道，尽管新疆医科大学的综合实力要逊色于石河子大学，也是一所四非大学，是它的医学类专业的综合实力要比石河子大学强。