1、概念不同
有机食品和绿色食品均属于无污染、可安全食用的食品，但有机食品更加强调食品的天然性，提倡用自然、生态平衡的方法从事生产的食品。绿色食品则强调食品没有污染，无公害可放心食用。
2、质量标准水平不同
绿色食品分为AA级和A级，其质量标准参照联合国粮农组织和世界卫生组织；有机食品采用欧盟和国际有机运动联盟(1POAM)的有机农业和产品加工基本标准，强调生产过程的自然性，与传统所指的检测标准无可比性，其质量标准与AA级绿色食品标准基本相同。
3、生产方式不同
绿色食品生产是将传统农业技术与现代常规农业技术相结合，从选择、改善农业生态环境入手，通过在生产、加工过程中执行特定的生产操作规程，限制或禁止使用化学合成物及其它有毒有害生产物质，并实施“从土壤到餐桌”全程质量控制。
有机食品生产必须采用有机生产方式，绝对禁止使用农药、化肥、生长激素、化学添加剂、化学色素和防腐剂等化学物质，不使用基因工程技术。即在认证检测机构下，完全按有机生产方式生产1-3年(转化期)，被确认为有机农场后，可在其产品上使用有标志和“有机”字样上市。
4、发源地不同
绿色食品起源于中国，有机食品和有机农业的发源地是欧洲。
5、标识不同
6、认证机构不同
绿色食品的认证由中国绿色食品发展中心负责全国绿色食品的统一认证和最终认证审批，各省、市、区绿色食品办公室协助认证。有机食品的认证是由具有有机认证资质的认证机构进行认证。
7、认证方式不同
绿色食品的认证以检测认证为主，有机食品的认证是在国家认监委监督下，由具有认证资质的机构进行认证。